“夏亚的反叛”（第二次新吉翁战争）结束12年后，宇宙世纪105年（U.C.0105）。一个名为“马夫蒂”的反地球联邦组织，开始以暗杀政府高官的激进行动，对抗强权统治的地球联邦政府。该组织领导人马夫蒂·纳比尤·艾林的真实身份，竟是曾与阿姆罗·雷并肩作战的一年战争英雄布莱特·诺亚之子——哈萨维·诺亚。神秘少女琪琪·安达露西亚展现出令人费解的超常能力，她隐晦的言语不仅捉弄着哈萨维，更唤醒了他深埋心底的创伤记忆。尽管被少女的话语所动摇，哈萨维仍强忍内心挣扎，步步推进对阿德莱德会议的空袭准备，誓要实现马夫蒂的目标，让自己的过往阴影得以安息。与此同时，负责追捕马夫蒂的联邦军大佐凯奈斯·斯雷格，正紧锣密鼓地部署阿德莱德会议的防御行动与剿灭计划。此时，刑事警察机构的汉德利·约克桑向他抛出了一份秘密提案。在哈萨维与凯奈斯各自为截然不同的目标展开行动之际，琪琪亦为了履行属于她自己的使命，踏上了前往香港的旅程。