近未来的日本，疏濑市的一隅，一座由医疗机器制造厂兴建、外形宛如巨型熨斗的工厂赫然耸立于山冈之上。每日固定的时刻，它总会如同刚完成熨烫般，向天际喷吐出阵阵浓郁的白烟。六年级小学生直太，与高中生真见美——那位远赴海外留学的哥哥的恋人——在河畔百无聊赖地消磨着时光。原本平淡无奇的日子，随着传说中“蜜蜂女”晴子的登场戛然而止。她驾驶着疾驰的电车，迎面撞向了直太。这场荒诞的邂逅令直太的头上长出了奇怪的角，而始作俑者晴子竟以女佣的身份堂而皇之地住进了直太家。随着晴子神秘面纱的揭开，以及她口中反复呢喃的“FLCL”之谜逐渐浮现，直太的生活迎来了天翻地覆的改变。
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