康熙十九年，历时七年的平定“三藩”叛乱之战终获决定性胜利。康熙皇帝在养心殿大宴百官，气氛炽烈。然而，施琅却于此时起身进言：国家尚未统一，此时庆祝为时尚早；他奏请将平叛军队全线东移，大兵压境，以解决台湾问题。此议一出，随即遭到众臣反对。 康熙二十年，台湾局势风云突变。侍卫冯锡范与唐妃暗中勾结，于北园别馆制造骨肉相残之悲剧，挟持年幼的延平王郑克塽以篡夺大权。他们持海自固，屡次拒绝清廷招抚，阴谋“自立乾坤”。值此风雨飘摇之际，董太妃以年迈之躯力撑危局，凛然宣告：“自立乾坤，分裂国土，我至死不为！若有再提自立乾坤者，杀无赦！” 不久，从台湾潜入京城的朱霖、阿鳗穿街走巷，秘抵施琅府邸，将一封密信匆匆交予施世伦后便隐入夜幕。当晚，二人即被九门提督擒获。次日，午门贴出木榜告示：经刑部审议，明日将斩首台湾奸细朱霖、阿鳗。施琅闻讯大为震惊，决意以内大臣身份强闯刑场。“台湾奸细案”与“施琅闯刑场案”震动朝野，康熙帝下旨于刑部审讯施琅，并钦命贝勒奈溚、康亲王杰书为审理官。九月五日，施琅被押入刑部大堂，他当众厉声呼喊：暗通关节者朝中确有其人，但非施琅，而是贝勒奈溚！随即从怀中掏出书信为证，揭露此乃两年前奈溚写给台湾冯锡范的密信，信中竟允诺台湾自立乾坤。康熙皇帝的突降令满堂皆惊，帝怒斥：“谁敢分裂江山社稷，应和台湾自立乾坤者，以此剑为例！”施琅由此与奈溚结下私仇。 此后，施琅“以剿寓抚、以战逼和”的对台方略获重臣李光地等人鼎力支持，康熙帝亦十分赏识，遂起用施琅为福建水师提督。施琅奏请侍卫吴奇爵同行申述理由，获帝恩准。施琅赴闽上任，令台湾冯锡范自立追随者洪旭等人惊恐不安，密谋对策；数日后，刘国轩奉命出征澎湖，欲以武力决一死战。 康熙二十一年三月，施琅在制定进取澎台的作战方案时，与福建总督姚启圣产生全面分歧。同年八月，康熙帝于“御门听政”早朝中，将“进军澎台”的专征权正式授予施琅。出征前夕，施琅将家中十余名少不更事的孩子分派至各条战船，以示破釜沉舟的征战决心。 康熙二十二年六月，施琅指挥三百余艘战船、三万多名将士从铜山港出发，乘南风之势进军澎湖。历经五个时辰的激战，清军大获全胜。澎湖一失，台湾水军覆灭，屏障尽丧。延平王急召百官商议去向，群臣批驳了“血战到底”之议与洪旭的“弃岛计划”，赞同刘国轩“议和则保全，再战必覆灭”的主张。年幼的郑克塽在关键时刻果断拍板，命刘国轩负责与清廷议和。 八月十三日，施琅率精兵登陆鹿耳门，直抵龙亭。八月十五日，台湾归清的隆重典礼于孔庙前广场举行，施琅庄严宣谕康熙帝招抚台湾的圣诏。八月二十二日，施琅拜谒郑成功祠，焚香顶礼，含泪祭告，神情怆然。 康熙二十二年十一月，台湾权力移交顺利完成，施琅率船队凯旋厦门。郑克塽被清廷授爵，亲属亦获授三品、四品官职，刘国轩则出任天津总兵。康熙二十三年四月，康熙帝下诏在台湾设一府三县，并令屯兵镇守。施琅奉旨留任福建水师提督。康熙三十五年二月，一代名将施琅病逝，享年七十六岁。