当HYDRA（九头蛇）的渗透阴谋彻底暴露，神盾局的秘密不再是秘密之后，该剧的剧情走向也随之全面展开，基调相较第一季变得更加黑暗深邃。在《神盾局特工第二季》中，随着神盾局最高层沦陷、组织元气大伤，新任局长科尔森（Coulson）和他的精英团队一夜之间沦为全球「通缉犯」。面对危险极端分子集团HYDRA的持续追杀，特工们能够调动的资源已变得极为有限，但这支由科学家、黑客、作战及间谍专家组成的队伍，绝不会因此停止「为世界的和平与安全而战」。与复仇者联盟中那些一线超级英雄不同，这些特工大都是肉体凡胎，却毅然肩负起处理那些新的、陌生的、未知案件的重任。从追回1945年卡特特工缴获的084号神秘物品，到直面刀枪不入、身手不凡的未知杀手，科尔森带领着新的特工小组在绝境中重建秩序。对于骨灰级美漫迷而言，剧中无处不在的彩蛋和惊喜，以及那些充满悬念的离奇神秘事件，让这支精锐小组在资源枯竭与腹背受敌的绝境中，依然绽放出属于凡人英雄的顽强光芒。