《忍者结婚难》改编自横关大的同名小说，是一部充满戏剧张力的爱情喜剧。故事聚焦于一对各自怀有不可告人秘密的忍者夫妇，巧妙地将传统忍者的敌对宿命与现代婚姻的柴米油盐碰撞在一起。在药店担任药剂师的草刈萤与邮局职员悟郎，是一对结婚两年半的夫妻。然而，你侬我侬的甜蜜仅停留在新婚之初，如今两人因生活习惯与价值观的巨大差异频频争吵，婚姻生活降至冰点，甚至已面临离婚危机。事实上，萤与悟郎各自隐藏着绝对不能向对方坦白的“背后面孔”——萤是秉持“实力主义”的甲贺忍者后裔，而悟郎则是坚守“超保守主义”的伊贺忍者后裔。这两支在日本历史暗处持续针锋相对的死对头，竟在互相不知底细的情况下结为了夫妻。就在两人的家庭矛盾一触即发之际，命运的齿轮开始转动。萤接到了一项特殊指令：调查并掌握执政党民自党国会议员赤卷章介的丑闻；与此同时，察觉到周围可疑动静的赤卷，则秘密委托伊贺一族担任自己的贴身警卫。随着两项对立任务的展开，这对同床异梦的“日本史密斯夫妇”不仅在执行任务中产生了交集，也开始对彼此的真实身份萌生怀疑。一场交织着忍术对决与婚姻保卫战的爆笑悬疑大戏就此拉开帷幕。