《哥斯拉：噬星者》是“哥斯拉”动画三部曲的最终章。21世纪初，地球被哥斯拉夺走，人类被迫将部分同胞送往其他恒星系寻求移居，然而计划却以失败告终。当失意的人类历经波折重返故土，迎接他们的已是历经两万年沧桑巨变的地球。此时，地球上的一切动植物均融入了哥斯拉细胞，彻底化作怪兽行星，而君临这片大地的，正是身高超过300米的史上最大哥斯拉——“哥斯拉·地球”。怀着对讨伐哥斯拉的强烈执念，主人公晴男与人类的子孙种族“弗图亚”相遇。在弗图亚双子姐妹玛伊娜和米亚娜的引导下，晴男等人发现了仍在持续增殖的对哥斯拉决战兵器——机械哥斯拉的残骸。他们利用构成残骸的纳米金属启动了武装要塞都市“机械哥斯拉都市”，向哥斯拉·地球发起了挑战。然而，在作战过程中，曾与人类共存的异星人种族“比尔沙尔德”与人类之间的裂痕逐渐显现。比尔沙尔德首领加尔格坚信“若要打倒哥斯拉，就要成为超越‘人’的存在”；但晴男始终坚守“不可为了打倒怪兽而让自己也变成怪兽，应作为‘人’将其战胜”的信念。最终，晴男舍弃了打倒哥斯拉·地球的唯一机会，杀死了加尔格。与此同时，晴男的青梅竹马优子也因比尔沙尔德强制进行的人体纳米金属化而陷入脑死状态。败北感与虚无感在人类之间蔓延。另一边，异星人宗教种族“埃克西弗”的大司教梅特菲斯，将晴男能在战斗中存活一事宣扬为奇迹，借此大肆吸纳信徒，以求达成埃克西弗隐藏的终极目的。面对此景，玛伊娜和米亚娜对埃克西弗充满警惕，而晴男也开始在内心深处不断自问……