游戏业界是一个与现实相异的奇幻世界，存在着四个由守护女神统治的国家：Planeptune、Lastation、Leanbox和Lowee。四个国家为了争夺女神力量之源“Share”而展开了长期的霸权战争。然而，因某次战败，Planeptune的守护女神涅普缇努失去了记忆并坠落下界，由此展开了一段奇妙的冒险之旅。在平息战乱并经历零次元事件后，游戏业界本应处于和平的过渡期，但关于四位女神的负面谣言却开始在暗中蔓延。为了冲淡这些不利的流言，涅普缇努决定召集另外三位女神，在Planeptune举行一场盛大的庆典。庆典进行得非常成功，并顺利迎来了最后一天的比武决赛。四位女神齐聚一堂，正准备在擂台上一教高下。就在这时，四个自称“The Gold Third”的神秘人物突然闯入会场，向女神们发起了挑战。女神们毫不犹豫地应战，却在交锋中被对方以压倒性的实力瞬间击败。画面一转，在一个神秘房间内，一个巨大的机甲与另一个神秘女声正在暗中讨论着这个世界的“新秩序”。与此同时，从昏迷中醒来的涅普缇努发现，远方的地平线上凭空多出了四座高耸入云的神秘巨塔。在与其他女神联络确认各自平安后，女神们决定回到各自的领地一探究竟，一场关乎游戏业界新秩序的奇幻冒险就此拉开帷幕。