高中生侦探工藤新一在一次追踪黑衣组织非法交易时不幸暴露行踪，遭其成员击晕并灌下神秘毒药。苏醒后，他惊恐地发现自己的身体竟缩小成了孩童模样！为隐藏真实身份并保护身边的人，新一在阿笠博士的援助下化名为江户川柯南，寄宿在青梅竹马毛利兰家中。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，柯南借此契机，在跟随他四处办案的同时，暗中追查黑衣组织的下落，期盼有朝一日能找回解药恢复原状。转机与危机交织，柯南在小学期间结识了步美等同伴，他们共同组建了少年侦探团。面对谜团重重、行踪诡秘的黑衣组织，外表看似小孩，智慧却异于常人的江户川柯南，向罪恶宣战的帷幕就此拉开！
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