藤原拓海凭借不败的战绩称霸秋名山，但这注定将为他引来更为猛烈的新挑战。在《头文字D Second Stage》中，故事着重刻画了拓海在挫折中的成长轨迹，当然也少不了令人血脉偾张的激烈飙车对决。 最经典的战役莫过于赤城与伊吕波山路上两位车队老大的宿命比拼。而在赛场之外，年轻的拓海在爱情上也遭遇了触礁——目睹夏树与开奔驰的中年男子同行的画面，令他怒火中烧。带着满腔的愤怒与悲伤，拓海奔向了赤城，却迎来了人生中第一次惨痛的挫败。在面对帝王车队须藤京一那辆搭载无点火系统的Lancer Evo III时，拓海拼上性命在过弯时争取到的时间，被对方在直道全速区间无情夺走。马力的绝对差距让他第一次对自己的爱车产生了怀疑：AE86真的有足够的实力吗？ 挫折并未持续太久，AE86的重生来自于父亲藤原文太的暗中操刀。在文太与修车师傅政志的亲手改装下，AE86换上了赛车用的高转速引擎，再次迈向新生。与此同时，拓海遇到了另一位同样驾驶AE86的强劲对手——秋山涉。这场较量别出心裁，规则是在同一赛道上两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，这既考验车手的极限定力，更是一场熬人耐力的拉锯战。 最终，凭借着顽强的意志与出色的技术赢下这场苦战，这场胜利让拓海彻底释怀，重新接纳了这辆焕发新生的AE86，也让他重拾信心，义无反顾地回归并继续书写属于他的车手生涯。