隋朝末年，天下大乱，群雄并起，烽烟四起，百姓流离失所。太尉王世充野心勃勃，挟幼主杨侗以令诸侯，更下达残酷的“禁武令”，其侄王仁则与义子王仁义充当爪牙，大肆屠杀江湖武林人士。短短数月间，洛阳地区武林门派几被扫除殆尽，最终的肃杀之剑，直指方外净地——少林寺。昙宗乃少林寺武术总教头，武功冠绝天下。王世充为收归己用，强邀昙宗赴宴，设下重重机关考验，欲聘其为首席教头。然昙宗一心向佛，婉言谢绝。王世充恼羞成怒，竟将八年前谋害江都督造张衡一家的灭门血案嫁祸给昙宗，致使背负血海深仇的张衡长子张天保，背负可怕的暗器箱，夜闯少林，三番五次欲置昙宗于死地。更买通卖艺兄妹佟锐、佟铃，设下夺命陷阱，阴谋环伺，杀机四伏。为填充金库，王世充又假公济私，抄没洛阳首富高达一家，屠杀三十六口，唯独浪荡公子高飞扬侥幸逃脱。为报血仇，高飞扬深山学艺，却在慌不择路中闯入魏王李密军营，结识了憨厚大块头九斤与一代枭雄程咬金。未料李密反投王世充，高飞扬随程咬金、秦琼及九斤四人委曲求全，寄身虎穴，命悬一线。卖艺兄妹佟锐、佟铃在洛阳城中，因佟铃被好色蛮横的王仁则觊觎，幸得朴实农民周锦福相助暂避一劫。佟铃与兄长失散后住进周家，与周锦福日久生情，论及婚嫁。然兄长佟锐极力反对，此时佟铃再次被王仁则掳走，抵死不从，悲壮自尽。王仁则的恶行，令佟锐与周锦福痛恨入骨，两人虽武功不济，却誓死报仇。王世充疏于政事，听信江湖术士桓法嗣之言残害忠良，企图夺权篡位。而桓法嗣表面辅佐，实则暗中加速其灭亡。斯时，昙宗深感天下大乱，为保寺济民，潜心创立了由八卦、五行组成的“罗汉奇门棍阵”，此阵必须齐聚十三人方能威力无穷。于是，昙宗在躲避追杀的同时，历尽艰险寻觅可造之材，最终收录农民周锦福、官宦子弟张天保、落魄大少高飞扬、江湖艺人佟锐、阴沉术士桓法嗣、嗜武如狂的姚汉武、憨直马弁九斤、改邪归正的王仁义，以及少林寺的僧丰、僧满、道广、智守和昙宗本人，组成了名震天下的十三棍僧。张天保与王世充之女王玉凤青梅竹马，自幼定有婚约。当年王世充为博隋炀帝之宠杀害张衡一家，长子张天保逃脱，而弟弟张天永却被王世充留下并改名为“王仁义”。一场情人诀别、兄弟相残的惨剧，在权力的漩涡中愈演愈烈，令人刻骨铭心。李世民为救民于水火，领兵讨伐洛阳城，王世充坚守不出，两军隔河对峙。李世民为探军情，率秦琼、程咬金微服渡河，不料被王仁义所擒。王仁义立下大功，野心勃勃，企图先成郑国驸马，再除掉王仁则，最终推翻王世充以报家仇，可惜事迹败露，命悬一线。为早日平息战火，还天下太平，昙宗自告奋勇，率领十二弟子冒死潜入洛阳城营救李世民。师徒十三人冲进固若金汤、机关遍布的天牢，施展少林绝技，攀越城头，直入王宫劝王世充放下屠刀，立地成佛。然王世充执迷不悟，命禁军疯狂狙杀，好一场惊心动魄的恶战！历史证明，没有十三棍僧，便没有大唐王朝的鼎盛辉煌。唐军获得空前胜利，李世民封昙宗为“大将军”，请其率十二僧随军征讨。然昙宗清心寡欲，不愿为官，情愿重返少林寺，重整寺院，振兴少林武学。其高风亮节的情操，不仅受李世民钦佩，更令世人永远景仰，谱写了一曲名垂千古的英雄壮歌！